Kitapta Clarke, Bush yönetiminin istihbarat teşkilatlarının terör tehdidine ilişkin uyarılarını dikkate almadığını ve bu ihmalin 11 Eylül saldırılarına katkıda bulunduğunu savunuyor. Ayrıca yönetimin saldırılara tepkisini de eleştiriyor ve Afganistan ve Irak'taki savaşların ABD'yi daha az güvenli hale getirdiğini savunuyor.
Shady Aftermath, 11 Eylül saldırılarına ilişkin içeriden bakış açısı ve Bush yönetiminin terörizmle mücadelesine yönelik eleştirisi nedeniyle bazıları tarafından övgüyle karşılandı. Ancak bazıları tarafından Bush yönetimini olumsuz tasvir etmesi ve bazı iddialarını destekleyecek spesifik kanıtların bulunmaması nedeniyle de eleştirildi.