Hikayenin çatışması, insanlık ve doğa arasındaki etkileşimi araştırmaktan ziyade duyguları, intikamı ve toplumsal önyargı ile iç mücadele arasındaki etkileşimi vurguluyor. Ayrıca olayların çoğu Palais Garnier'in sınırları içinde gerçekleştiğinden, bu hikayede doğal unsurlar özellikle vurgulanmamıştır. Dolayısıyla Operadaki Hayalet'te anlatıyı yönlendiren, insanlık ile doğa arasında bir çatışma yoktur.