Romanın başında ana karakterler Claudia ve Jamie Kincaid evden kaçarak müzede yaşamaya karar verirler. Müzeyi keşfetme sürecinde Bayan Frankweiler'ın gizli yaşam alanına rastlarlar. Bayan Frankweiler nazik ve eksantrik, yaşlı bir kadındır ve Claudia ile Jamie'nin müzede kendisiyle birlikte kalmasına izin verir.
Roman ilerledikçe Bayan Frankweiler'ın müzeye karşı derin bir sevgisi ve bağı olduğu ortaya çıkar. Yıllardır gizlice orada yaşıyor ve buranın her köşesini biliyor. Kendisi aynı zamanda yetenekli bir sanatçı ve çok güzel heykeller ve tablolar yaratıyor ve bunları müzenin her yerine saklıyor.
Bayan Frankweiler, Claudia ve Jamie ile olan ilişkisi sayesinde müzeye olan sevgisini başkalarıyla paylaşabiliyor. Onlara müzenin tarihini ve sanatını öğretiyor ve etraflarındaki dünyanın güzelliğini ve harikasını takdir etmelerine yardımcı oluyor.
Sonunda Bayan Frankweiler'ın sırrı ortaya çıkar ancak müzede yaşamaya devam etmesine izin verilir. Müze camiasının sevilen bir üyesi oluyor ve sanata ve güzelliğe olan aşkını başkalarıyla paylaşmaya devam ediyor.
Müze ile Bayan Basil E. Frankweiler arasındaki bağlantı romanın ana teması olup sanat ve kültürün hayatımızdaki önemini vurgulamaktadır.