Ancak hikaye ilerledikçe, seçilmiş bir grup domuz, diğer hayvanları manipüle etmeye ve sömürmeye başladığında gerilimler ortaya çıkar. Kurnaz ve otoriter domuz Napolyon'un liderliğindeki domuzlar, çiftliğin temel ilkeleri olan Yedi Emir'i kendi çıkarlarına hizmet edecek şekilde değiştirmeye başlayınca çatışma daha da şiddetlenir.
Napolyon ve domuz arkadaşları yavaş yavaş liderlik rollerini üstleniyorlar ve onları diğer hayvanların üstüne koyan hiyerarşik bir sistem kuruyorlar. Napolyon ve yandaşları ayrıcalıklardan ve lükslerden yararlanırken, diğer hayvanlar çiftliğin bakımı için çabalarken, bu durum hayvan topluluğu içinde derin bir bölünmeye yol açmaktadır.
Çatışma, domuzların güç arayışı ve diğer hayvanların ilk isyanlarının ideallerini sürdürme mücadelesi etrafında dönüyor. Hayvan Çiftliği'nin gerçek eşitliği teşvik etmedeki zorlukları keşfetmesi, sonuçta totaliter toplumların ve görünüşte asil ideolojilerin yozlaşmasının bir eleştirisine dönüşüyor.