Başlıca Düşmanlar:
* Manyeto: X-Men'in en ikonik kötü adamı Magneto, manyetizmayı manipüle etme yeteneğine sahip güçlü bir mutanttır. Mutantların insanlardan üstün olduğuna ve dünyayı yönetmesi gerektiğine inanıyor, bu da Profesör X'in barış içinde bir arada yaşama hayaliyle sık sık çatışıyor.
* Kıyamet: Başkalarının güçlerini absorbe etme yeteneğine sahip güçlü, eski bir mutant olan Apocalypse, dünyayı temizlemeyi ve kendisinin hükümdarı olduğu yeni bir düzen yaratmayı amaçlıyor.
* Kılıçdişi: Gelişmiş duyulara, insanüstü güce ve yenilenme yeteneklerine sahip vahşi ve acımasız bir mutant olan Sabertooth, amansız bir yırtıcı ve Wolverine'in yeminli düşmanıdır.
* Gizem: Şekil değiştirme ve aldatma konusunda usta olan Mystique, genellikle gölgede faaliyet gösteren yetenekli bir casus ve suikastçıdır. X-Men'le karmaşık bir ilişkisi var; bazen bir müttefik, bazen de acımasız bir düşman olarak hareket ediyor.
* Mutantların Kardeşliği: İnsanların düşman olduğuna ve mutantların hükmetmesi gerektiğine inanan Magneto liderliğindeki bir grup mutant. Bu gruba yıllar boyunca Toad, Pyro ve Blob dahil çok sayıda üye dahil oldu.
Diğer Önemli Düşmanlar:
* Bay. Kötü niyetli: Mutant evrimini manipüle etmeye takıntılı, zeki ama acımasız bir genetikçi.
* Juggernaut: Muazzam bir güce ve hasar görmezliğe sahip, doğanın durdurulamaz bir gücü.
* Nöbetçiler: Mutantları avlamak ve yok etmek için tasarlanmış güçlü robotlar.
* Cehennem Ateşi Kulübü: Mutant güçleri kendi amaçları doğrultusunda kontrol etmeye çalışan ayrıcalıklı ve güçlü bir organizasyon.
* William Stryker: Mutantların insanlık için bir tehdit olduğuna inanan ve onları ortadan kaldırmaya çalışan bir askeri lider.
Kuruluşlar:
* AIM (Gelişmiş Fikir Mekaniği): Genellikle tehlikeli teknolojilerle uğraşan ve X-Men'le birçok kez çatışan bilimsel bir organizasyon.
* Hidra: Mutant güçleri kontrol etme arayışında olan bir geçmişe sahip küresel bir terör örgütü.
* Arındırıcılar: Mutantların dünyanın başına bela olduğuna inanan fanatik bir grup insan.
X-Men'in uzun tarihi boyunca birçok başka düşmanla karşı karşıya kaldığını belirtmek önemlidir, ancak bunlar en dikkate değer ve tekrarlanan düşmanlardan bazılarıdır. X-Men'in düşmanları, seri boyunca örülmüş önyargı, korku ve eşitlik mücadelesi gibi karmaşık temaları yansıtıyor.